Seit 2007 haben sich die Familie von Fürstenberg (als ursprüngliche Eigentümer der Apollinariskirche) und das Bistum Trier zusammengefügt in der „Stiftung Wallfahrtskirche St. Apollinaris“ als neue Eigentümerin der Kirche. Diese Stiftung ist verantwortlich für den Unterhalt der Kirche. Zusammen mit dem Förderverein Apollinariskirche Remagen e.V. und Pater Bartholomé, dem Rector ecclesiae, wird für die weitere Renovierung, Erneuerung und den Unterhalt der Kirche Sorge getragen.